快速会計の仕訳入力伝票では、マイナス入力はできません。

唯一の例外は、勘定科目が「繰越利益剰余金」のときだけ、マイナス入力を許しています。
導入処理でそのような入力をする可能性があるからです。

しかしながら、たまに、マイナス入力が普通にできる会計ソフトを見かけます。
これって、複式簿記のルールに反していると、私は思うのですが、どうでしょうか。

マイナス入力ができるから便利だぁ♪ と思うユーザーがいるのでしょうか。
それ以前に、それが良いと判断した開発者がいるということになりますが。

どうも、私は、納得がいきません。

快速会計の仕訳入力伝票の金額欄でマイナス入力をしようとすると、「できません！」のメッセージが表示されます。
なにかの修正のためにマイナス入力をするのだと思います。あるいは、売上返品、仕入返品の処理かも知れません。
複式簿記では、勘定科目を借方に置くか、貸方に置くかによって、残高を大きくしたり小さくしたりできるので、仕訳の修正でも返品処理でも、この手法で対処すべきです。

マイナス入力ができるから、それで打ち消して、残高を調整しようという発想は理解できますが、やってはいけません。

複式簿記の基礎を勉強しましょう。